Øygarden kommune fekk 5 millionar kroner øyremerka til museumsbygg frå Trollprosjektet. Gåva var ein konsekvens av dei store endringane som industriutbyggingane i kommunen førte med seg. Trollprosjektet, Norsk Kulturråd, Hordaland fylkeskommune og Øygarden kommune finansierte bygget. Øygarden kommune har vore og er ein særs viktig bidragsytar og støttespelar for museet. Kystmuseet vart bygd som eit regionalt museum for å formidla og dokumentera kystkultur.
Sidan opninga har museet hatt fokus på kysten si ressurs- og energihistorie.
Kystmuseet har fått i gåve frå Otto Breivik eit eldre steinsauefjøs og eit tørkehus for korn. I tillegg fekk museet ei 1700-tals sjøbu som ligg i Breivikssundet. I 2003 vart Saltebua på kaien kjøpt til museumsformål. Her fekk handverkaren på museet verkstad. Museet hadde og ei utstilling av båtar her.
Museet har bygd opp ei båt- og gjenstandssamling. Kystmuseet er eit økomuseum og har ansvar for og eig til saman 14 bygg. Museet har og gjennom åra bygd opp ein «steinalderbuplass» til formidling.
I 2005 vart Kystmuseet i Øygarden kommunen sin tusenårsstad. Kommunen og næringslivet i regionen har gjeve støtte til å byggja amfiet og scena/kai som gjorde museet i stand til å arrangera større konsertar.
I 2021 vart nybygget Taremare opna.